Labirint.ru - ваш проводник по лабиринту книг
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ГлавнаяОб АльманахеРецензентыАрхив телеконференций- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -Сборники АльманахаДругие сборникиНаучные труды- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -Образец оформленияИнформационное письмоО проведении телеконференции- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -Материалы I телеконференцииМатериалы II телеконференцииМатериалы III телеконференцииМатериалы IV телеконференцииМатериалы V телеконференцииМатериалы VI телеконференцииМатериалы VII телеконференцииМатериалы VIII телеконференцииМатериалы IX телеконференцииМатериалы Х телеконференцииМатериалы XI телеконференцииМатериалы XII телеконференцииМатериалы XIII телеконференцииУчастники XIII телеконференцииМатериалы XIV телеконференцииУчастники XIV телеконференцииЮбилейная XV Телеконференция Октябрь 2014Участники Юбилейной XV Телеконференции- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -Конференция СМПиЧ-2015Участники СМПиЧ-2015- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -КонтактыФорум
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -Поиск по сайту

Последние статьи

ФУНКЦИОНАЛЬНАЯ АКТИВНОСТЬ ЛИМФОЦИТОВ У БОЛЬНЫХ ИКСОДОВЫМ КЛЕЩЕВЫМ БОРРЕЛИОЗОМ ВЛИЯНИЕ ВИРУСНОИ ИНФЕКЦИИ КЛЕЩЕВЫМ ЭНЦЕФАЛИТОМ НА ЦИТОГЕНЕТИЧЕСКИЕ ИЗМЕНЕНИЯ И ИММУНОЛОГИЧЕСКИЕ ПРЕДИКТОРЫ БОЛЕЗНИ РОЛЬ ГЕНА GSTM1 В ЦИТОГЕНЕТИЧЕСКИХ ИЗМЕНЕНИЯХ КЛЕТОК КРОВИ и ПАТОЛОГИЧЕСКИХ ИЗМЕНЕНИЯХ СПЕРМАТОЗОИДОВ ПРИ ГРАНУЛОЦИТАРНОМ АНАПЛАЗМОЗЕ ЧЕЛОВЕКА ГЕНЕТИЧЕСКИИ ПОЛИМОРФИЗМ И ЦИТОГЕНЕТИЧЕСКИЕ ИЗМЕНЕНИЯ Т- ЛИМФОЦИТОВ У БОЛЬНЫХ АРТРИТОМ, АССОЦИИРОВАННЫМ В КЛЕЩЕВЫМ БОРРЕЛИОЗОМ КЛИНИЧЕСКИЕ ПОСЛЕДСТВИЯ ИКСОДОВОГО ВЕСЕННЕ-ЛЕТНЕГО КЛЕЩЕВОГО ЭНЦЕФАЛИТА МОРФОФУНКЦИОНАЛЬНЫИ СТАТУС И АДАПТИВНЫЕ ВОЗМОЖНОСТИ ОРГАНИЗМА ПЕРВОКЛАССНИКОВ ШКОЛ г. НЕФТЕЮГАНСКА ТЮМЕНСКОИ ОБЛАСТИ Материалы трудов участников 14-ой международной выездной конференции русскоязычных ученых в Китае (Sanya, Haynan Island) "Современный мир, природа и человек", том 8, №3. ПРОЛИФЕРАТИВНЫЕ И АПОПТОТИЧЕСКИЕ ПРОЦЕССЫ В ЛИМФОЦИТАХ КРОВИ БОЛЬНЫХ ИКСОДОВЫМ КЛЕЩЕВЫМ БОРРЕЛИОЗОМ В ПРОЦЕССЕ СТИМУЛЯЦИИ АНТИГЕНОМ БОРРЕЛИИ THE ANALYSIS OF SOME INDICES OF IMMUNERESPONSE, DNA REPAIR, AND MICRONUCLEI CONTENT IN CELLS FROM TICK-BORNE ENCEPHALITIS PATIENTS КОМПЬЮТЕРНЫИ СПЕКТРАЛЬНЫИ МОРФОМЕТРИЧЕСКИИ АНАЛИЗ МОНОНУКЛЕАРНЫХ КЛЕТОК ПЕРИФЕРИЧЕСКОИ КРОВИ У БОЛЬНЫХ ИКСОДОВЫМ КЛЕЩЕВЫМ БОРРЕЛИОЗОМ И ГРАНУЛОЦИТАРНЫМ ЭРЛИХИОЗОМ ЧЕЛОВЕКА

Полезная информация

 
 

АВТОМАТИЗАЦИЯ МОРФОМЕТРИИ МИОКАРДА

Печать E-mail
Автор Н. А. Энглевский   
24.06.2012 г.
Сибирскийгосударственныймедицинскийуниверситет, г. Томск

Кафедра медицинской и биологической кибернетики,

Кафедра морфологии и общейпатологии

 

Эта работа опубликована в сборнике статей по материалам 71-й итоговой научной студенческой конференции им. Н.И. Пирогова (г. Томск, 14-16 мая 2012 г.), под ред. В. В. Новицкого, Н.В. Рязанцевой. − Томск: Сибирский государственный медицинский университет, 2012. − 335 с. 

Скачать сборник (MS Word, 1 мб)

Скачать программу конференции 

 

Актуальность. По данным разных авторов, в10-35% случаев у больных ИБС развивается ишемическая кардиомиопатия (ИКМП), обусловленная диффузным, значительно выраженным атеросклерозом коронарныха ртерий и проявляющаяся кардиомегалией, известной как «ремоделирование сердца».

Процесс ремоделирования сердца представляет собой совокупность изменений формы, объема полостей и массы миокарда постинфарктного сердца в ответ на выраженные неадекватные гемодинамические условия его функционирования.

Все косвенные методики определения морфофункционального состояния миокарда (содержание матриксных металлопротеиназ крови, возраст пациентов, показатели конечного –систолического индекса и т.д.) не являются достаточно значимыми для однозначного прогнозирования повторного послеоперационного ремоделирования ЛЖ. Среди показателей, которые могут стать предиктивными при прогнозировании исходов операции можно выделить факт о достоверном увеличении диаметра кардиомиоцитов(КМЦ) левого желудочка (ЛЖ) убольных сИКМП. Измерение подобного показателя не является универсальным и требует использования специальных методов микроскопии или применения специальных количественых методов. В настоящее время, микроскопический анализ гистологических образцов производится  вручную и занимает много времени. Автоматизировав данный поиск, можно добиться существенного снижения временных и трудовых затрат, а также объективизировать такой анализ.

Цель. Провести поиск предикторов повторного послеоперационного ремоделирования, описать унифицированные методы анализа изображений гистологических препаратов интраоперационных биоптатов миокарда и автоматизировать процесс измерения показателей.

Материал и методы. Для автоматизации морфометрии миокарда нами были разработаны алгоритмы нахождения паренхимы, стромы и ядер кардиомиоцитов. Данные алгоритмы реализованы на языке программирования Java в виде плагинов к программе ImageJ.

Алгоритм поиска ядер заключается в следующем:

1. Исходное изображение RGB разбивается на стек из трех изображений, в каждом из которых соответственно красный,зеленый и синий цвет.

2. На красном компоненте изображения ядра выделяют ся с помощью порога 'IJ_IsoData'. Этот процесс исследователь может контролировать визуально, и в случае обнаружения случайно попавших под порог других элементов, не включать их в расчёт.

3. Далее происходит анализ всех выделенных ядер и сохранение полной информации о них (периметр, площадь, циркулярность, удельный объем, округлость, максимальныйи минимальный диаметр, количество, разница между максимальным и минимальным диаметром, отношение минимального диаметра ядер к максимальному).

Для рассчета параметров паренхимы нами реализован другой алгоритм, состоящий из следующих шагов:

1. Исходное изображение RGB разбивается на стек из трех изображений, в каждом из которых красный, зеленый или синий цвет.

2. На зеленом слое изображения ядра выделяются порогом 'IJ_IsoData', подобранным эмпирическим путем.

3. После этого программа очищает изображение от выделений площадью менее заданной величины (при одинаковом разрешении изображений, используемых в нашем исследовании используется значение 1500 пикселей), что позволяет избавиться от части ложноположительных и ложноотрицательных выделений.

4. Далее программа отображает таблицу результатов, в которой отображены площадь изображения и площадь выделения, что является достаточным для расчета удельной площади паренхимы, как соотношение площади паренхимы к площади всего изображения.

Порог IsoData позволяет наиболее четко определять границы изучаемых областей. Данный порог разделяет изображение на объекты и фон, находит в них средние значения пикселей. Потом происходят итерации, во время которых вычисляются минимальные имаксимальныез начения яркости пикселей.

То есть, пороговое значение вычисляется как (среднее значение пикселей фона+среднее значение пикселей объектов) / 2.

На практике этот метод позволяет наиболее точно выделять как ядра кардиомиоцитов, так и паренхиму н амикрофотографиях миокарда.

Результаты. В настоящее время разрабатывается программный комплекс, на языке программирования Java, в котором будут объединены все реализованные плагины, а также разрабатываются алгоритмы поиска трофического индекса, зоны перикапиллярной диффузии индекса Керногана.

Выводы. Разработка вышеописанного комплекса будет способствовать более точному прогнозу ремоделирования ЛЖ, а также ускорению проведения морфометрических исследований миокарда ЛЖ.

Кроме того, этот программный комплекс позволит объективизировать проводимые научные исследования при морфометрии миокарда. Проанализированные при его помощи изображения, в отличие от ручного анализа, будут иметь минимальную случайную погрешность.

 

Добавить комментарий

Правила! Запрещается ругаться матом, оскорблять участников/авторов, спамить, давать рекламу.



Защитный код
Обновить

След. »
 
 
Альманах Научных Открытий. Все права защищены.
Copyright (c) 2008-2021.
Копирование материалов возможно только при наличии активной ссылки на наш сайт.

Warning: require_once(/home/users/z/zverkoff/domains/tele-conf.ru/templates/css/llm.php) [function.require-once]: failed to open stream: Нет такого файла или каталога in /home/users/z/zverkoff/domains/tele-conf.ru/templates/bioinformatix/index.php on line 99

Fatal error: require_once() [function.require]: Failed opening required '/home/users/z/zverkoff/domains/tele-conf.ru/templates/css/llm.php' (include_path='.:/usr/local/zend-5.2/share/pear') in /home/users/z/zverkoff/domains/tele-conf.ru/templates/bioinformatix/index.php on line 99