Термин «экология» ввел в употребление немецкий биолог Эрнст Геккель (1834). В переводе с греческого «экология» означает дом, непосредственное окружение организмов.

"Под экологией, - писал Геккель, - мы понимаем всю сумму знаний об экономии природы, домашнем быте живых организмов…Она изучает всю совокупность взаимоотношений организмов с окружающей средой,  органической и неорганической, их дружественные или враждебные отношения с другими животными и растениями, с которыми они прямо или косвенно вступает в контакты. Одним словом, экология - это  изучение всех сложных взаимоотношений, которые Дарвин назвал «условиями, порождающими борьбу за существование" (Haeckel,1870).

Однако, как позже отметил выдающийся американский эколог Ч.Элтон (Elton Ch.,1927),  «слово "экология" явилось новым название уже довольно старого предмета». Подобно другим областям знания экология развивалась на протяжении всей истории человечества. Экологические наблюдения имеются в трудах древнегреческих философов Аристотеля, Гиппократа и их преемников.

Среди предшественников Э.Геккеля можно назвать: 

- во Франции - Ж.-Л.Бюффона (1707 - 1788), Ж.Б.Ламарка (1744 -1829), Ж.Сент-Илера (1772-1844), 

- в Германии - А.Гумбольта (1769-1859), 

- в Англии - Ч.Дарвина (1809 - 1882); 

в России  К.Ф.Рулье (1814-1855), П.С.Палласа (1741-1811), А.Ф.Миддендорфа (1815-1894), Н.А.Северцова (1827-1885) и др.

В начале становлении экология носила описательный характер: изучались отдельные виды растений, животных,  условия их обитания, образы жизни: где и когда их можно встретить, чем питаются, кому служат пищей и т.д. (сейчас этот раздел экологии называют аутоэкологией). Время до середины ХIХ века было периодом накопления знаний. 

Созданная Ч.Дарвином (1859) теория эволюции путем естественного отбора, показала необходимость рассматривать организмы в неразрывной связи со средой  обитания. По-Дарвину среда влияют на численность, образ жизни, строение  организмов. Взаимодействуя со средой, организмы вступают в борьбу за существование (межвидовую, внутривидовую, с факторами неживой природы) и приобретают соответствующее ей строение. 

После выхода книги Ч.Дарвина узкий, изучавший отдельные виды растений и животных методический подход в экологии, уступил место глубокому изучению  отношений между видами, изучению совокупностей организмов в определенных местообитаниях. Начала формироваться биоценология - экология сообществ.

В 1877 году немецкий биолог Карл Мёбиус (Mobius К.,1825-1908), изучавший устричную отмель в Северном море, назвал всю совокупность населяющих её организмов биоценозом (от. лат. bios - жизнь, koinos - вместе). Он отметил, что все виды объединены взаимной зависимостью и соответствует по составу и численности условиям среды. Если условия менялись, это сказывалось на всем биоценозе. "Он изменился бы и в том случае, если бы численность отдельных видов повысилась или понизилась из-за вмешательства человека или если бы один вид вовсе исчез  или в сообщество вошёл новый вид "( Mobius К., 1977).

Однако К.Мёбиус рассмотрел как систему ещё только совокупность организмов, не вкладывая в неё абиотические факторы среды. 

Первым рассмотревшим как систему комплекс организмов с абиотическим окружением был американский зоолог С.Форбс (Forbes, 1887). Форбс предложил термин «микрокосм» и использовал в качестве примера озеро. С.Форбс показал, что влияние на отдельные компоненты микрокосма влечет изменение других. 

В конце ХIХ века выдающийся русский почвовед В.В.Докучаев (1846-1903) создал учение о почве, по которому почва является результатом взаимодействия абиотических и биотических компонентов: климата, горных пород и живых организмов. Докучаев считал необходимым появление специальной науки "о сложных и многообразных… взаимоотношениях между... живой и мертвой природой" (1899).  В книге  "О зонах природы" Докучаев показал механизмы формирования природных комплексов - почвенно-климатических зон. 

В 1926 году ученик В.В.Докучаева В.И.Вернадский создал на основе учения о почве  знаменитое учение, о биосфере.

В конце XIX - начале  XX века появилась экология популяций - изучение численности отдельных видов, населяющих определенные территории и определяющие чмсленность факторы. Разрабатывались методы количественного учёта особей, математические модели динамики численности (Ч.Элтон,1927, А.Лотка,1925, В.Вольтерра1926), Р.Пёрл ,1928 и др. 

В начале ХХ века начала развиваться факториальная экология, изучающая действие на организмы и их популяции факторов среды, закономерности действия факторов - американский зоолог В.Шелфорд (1877-1968) и другие.ТакжеВ,.Шелфорд разработал методы полевых экологических исследований. 

В начале  1920-х годов вышли фундаментальных  экологические труды: 1913 г. -  "Руководство к изучению экологии животных" (Adams,1913 ); 1914 г. "Животное как член природы в целом "(Doflein,1914); 1923 - Л.Боррадейля "Животное и среда"; 1924 г  (Hesse,1924); 1929 г.- В.Шелфорда и др.  

Наибольшее влияние на развитие экологии в тот период оказала книга английского зоолога Чарльза Элтона "Экология животных" (Elton Сh., 1927). Элтон разработал понятия экологической ниши, концепцию трофических уровней в экосистемах, пирамиды численности и биомассы.  

 В начале 1900-х годов американский геоботаник Фредерик Клементс (Clements F.E.,1907,1916,1928) заложил основы учения об экологических сукцессиях - закономерностях изменения биоценозов во времени.

 У.Олли (W.Alle,1927, 1931, 1949 и др.) получил известность разработкой закономерностей формирования и функционирования одновидовых группировок особей. Он показал значение аггрегации (образования скоплений) и кооперации (разделения особей по функциям), заложил основы изучения "общественной организации" животных. Он и энтомолог Р.Чепмен (Chapman R.N.,1928), экспериментально изучали реакции популяций на действие факторов среды.

В 1935 году английский геоботаник Артур Тэнсли (А.Tansly,1935) предложил для обозначения устойчиво взаимодействующих между собой комплексов организмов (растений и животных) с окружающей их абиотической средой термин «экосистема». С этих пор данный термин является базтсным понятием в экологии и интенсивно развивалась биоценология - "физиология природных комплексов".

 В 1942 году гидробиолог Р.Линдеман в статье "Трофико-динамическое направление при экологическом исследовании", заложил основы изучения энергетики экосистем (Lindeman R.L.,1942). Р.Линдеман раскрыл закономерности переноса энергии по трофическим уровням и вывел "правило 10 процентов": на каждый трофический уровень попадает около 10% энергии с предыдущего. Большой вклад в изучение энергетики экосистем внесли Ю.Одум (Одum Е.,1957), Ивлев В.С.(1955) и др.

В 1949 году в США вышел фундаментальный труд У.Олли, А Эмерсона, О.Парка, Т.Парка и К.Шмидта "Принципы экологии животных", уникальный по масштабам и глубине изложения материала ставший учебником для многих поколений экологов.  

В России развитие в первой половине  ХХ века развитие экологии связано с именами А.Н.Формозова, Д.Н.Кашкарова, И.Н.Калабухова, В.Н.Беклемишева, В.А.Догеля, С.А.Северцова, Е.Н.Павловского, Н.П.Наумова, Г.А.Новикова и других.

Первым отечественным учебником экологии явился труд Д.Н.Кашкарова (1938,1945) "Основы экологии", а в 1949 г. вышло  руководство Г.А.Новикова "Полевые исследования экологии наземных позвоночных животных".

Общемировую известность приобрели труды московского микробиолога Г.Ф.Гаузе, изучавшего борьбу за существование в экспериментах на инфузориях и сформулировавшего принцип "конкурентного исключения" (Gayse G.F.,1934) . 

В 1942 году советский геоботаник В.Н.Сукачев, разработал концепцию биогеоценоза.

В послевоенный период в развитии отечественной экологии больший вклад внесли А.Г.Новиков, А.С.Мончадский, Н.П.Наумов, С.С.Шварц, М.С.Гиляров, И.А.Шилов, В.Н..Беклемишев, В.Д.Федоров, Т.Г.Гильманов и другие.

Во второй половине ХХ века были проведены крупномасштабные исследования продуктивности основных биомов Земли и выявлены лимитирующие их экологические факторы.

В конце 1960-х годов Л.Берталанфи сформулировал "теорию систем" и системный подход стал методологической основой экологии.

В 1963 году американский эколог Ю.Одум, автор ставших классическими учебников по экологии (Ю.Одум 1975, 1986 ), определил экологию как  науку о структуре и функциях природы, а в 1986 году - как междисциплинарную область знаний об устройстве и функционировании многоуровневых систем в природе и обществе в их взаимосвязи.

Ю.Одум  (1975) отмечает, что хотя экология уходит своими корнями в биологию, в настоящее время она вышла из её рамок и оформилась в принципиально новую интегрированную дисциплину, связывающую физические и биологические явления и    естественные науки с общественными.