Длительное время управление системой отечественного здравоохранения основывалось преимущественно на прямом администрировании, а роль экономических регуляторов практически игнорировалась. Финансирование отрасли традиционно основывалось на показателях ресурсного обеспечения (коечный фонд, число медицинских работников и проч.), а не конечных результатах работы медиков. Лечебно -профилактические учреждения (ЛПУ) ориентировались только на систему нормативов, доводимых органами управления здравоохранением, и были лишены экономических стимулов к расширению объема деятельности и повышению качества медицинской помощи.
Переход на казначейскую систему исполнения бюджета способствовал активизации научных исследований в области управления и финансирования здравоохранения. Этим вопросам посвящены статьи Рутковского О.В, Кучеренко В.З, Яковлева Е.П, Бокерия Л.А, Акопец А.С, Шиленко Ю.В, Кораблева В.Н, Решетникова А.В, Кадырова Ф.Н, Самодина В. И, Шамшуриной Н.Г, Путина М.Е, Вялкова А.И, Татарникова М. А, Корчагин В. П и ряда других авторов. В них анализируются современные процессы финансировании в здравоохранения, связанные с переходом на казначейскую систему исполнения бюджета. Особенно важно подчеркнуть, что в большинстве этих работ проводится мысль о необходимости реструктуризации здравоохранения, главным образом на основе экономических методов управления.
В то же время, актуальность научной разработки финансово управленческих проблем здравоохранения остается весьма значительной, потому что:
•    недостаточно отражены недостатки и возможности внедрения казначейской системы исполнения бюджета;
•    не показаны стратегические перспективы развития казначейской системы;
•    отмечается дисбаланс между рыночными и плановыми регуляторами финансовой отрасли.
Развитие демократических процессов в стране принесло много не только положительных моментов, но и проблемы, потому что в вопросах бюджетной дисциплины появилось много вольности, ослабла дисциплина расходования бюджетных средств.
Все эти годы в стране исполнением бюджета занимался Государственный банк Советского союза, а позже - Банк России. Данная система не получила ожидаемого результата, поскольку экономический кризис, который вызвал практически повсеместный дефицит бюджетных средств, практически на всех уровнях бюджетной системы заставил искать новые пути. Именно для этой цели был воссоздан институт Федерального казначейства в РФ. Осознание необходимости воссоздания казначейства произошло не сразу. Не сразу удалось подойти к пониманию того, какая модель исполнения бюджета предпочтительнее для Российской Федерации -банковская или казначейская. Главным фактором, способствовавшим выбору именно казначейской системы, было отсутствие в то время должного контроля за движением, использованием государственных бюджетных средств. Центральный Банк Росси в то время испытывал перегрузки в вопросе перестройки своей деятельности, нацеливая основные усилия уже не на исполнение бюджета, а на регулирование активно порождающихся банковского и коммерческого секторов. В этих условиях была выбрана модель, при которой у государства создается свой орган, непосредственно занимающийся и контролем, и проверками, и совершением операций со средствами федерального бюджета.
Федеральное казначейство является структурным подразделением Министерства финансов РФ. И оно меняет сложившеюся практику исполнения федерального бюджета, которой ранее занимался государственный банк СССР и его звенья.
Нельзя сказать, что эта цель является новой в системе экономических отношений России или других стран. Многие экономически развитые страны осуществляют исполнение бюджета через систему казначейства: Швеция, ФРГ, США, Австралия, Бразилия, Израиль и другие.
В целях проведения государственной бюджетной политики, эффективного управления доходами и расходами в процессе исполнения федерального бюджета РФ, повышения оперативности финансирования государственных программ, усилением контроля за поступлением, целевым и экономическим использованием государственных средств, в соответствии с указом президента РФ от 8.12.1992г. в Российской Федерации была образованна система органов федерального казначейства.
В 1993 г. на территории Томской области было создано казначейство, которое подчиняется Министерству Финансов Российской Федерации. В свою очередь Управлению Федерального Казначейства по Томской области подчиняются отделения казначейства городов (Томск, Стрежевой и др.) и районов (около 16).
•    "На сегодняшний день на казначейское исполнение бюджета в Томске переведены:
•    управление здравоохранения;
•    управление культуры;
•    департамент финансов;
•    комитет по охране окружающей среды;
•    комитет по фармацевтической деятельности;
•    департамент образования и два его управления;
•    департамент социальной защиты;
•    департамент местного самоуправления и международной деятельности;
•    департамент культуры и градостроительства.
Открыто уже 260 лицевых счетов бюджетополучателей из планируемых 330, т.е. около 79%. Остальные будут переведены в первом полугодии текущего года"[1].
В ходе внедрения казначейской системы появилась новая технология ведения лицевых казначейских счетов, которая позволяет осуществить предварительный и текущий контроль за целевым использованием средств федерального бюджета, своевременной выплаты заработной платы, полнотой и своевременностью перечисления платежей в государственные внебюджетные фонды. Получаемая органами Федерального казначейства информация позволит дать объективную оценку об объемах средств, не связанных с обязательствами в каждом текущем периоде, что создает предпосылки для более точного прогнозирования возможных кассовых разрывов при исполнении федерального бюджета, при этом сокращается необходимость в краткосрочных заимствованиях на внутренних и внешних рынках.
Например, раздаются голоса о том, что есть опасность в узурпации казначейством финансовой власти, что в руках одного органа будут сконцентрированы колоссальные ресурсы. Но, опираясь на законодательные и нормативные акты, процесс движения и утверждения денежных средств не может быть изменен. В случаи нарушения бюджетного законодательства наступает ответственность.
Система Федерального казначейства относительно - молодая структура, тем не менее, развивается она динамично и быстро наращивает выполняемые функции и эффективность работы. Хотя целью создания Федерального казначейства явилась необходимость строго учета и контроля за формированием доходов и осуществлением расходов федерального бюджета, это не - самоцель. Задачей на перспективу является необходимость обеспечить профессионально грамотное в полном соответствии с законом исполнение бюджета и контроль за целевым использованием получателями бюджетных средств.