Сибирский государственный медицинский университет, г. Томск

НИИ медицинской генетики, г. Томск

Лаборатория популяционной генетики

Эта работа опубликована в сборнике статей по материалам 71-й итоговой научной студенческой конференции им. Н.И. Пирогова (г. Томск, 14-16 мая 2012 г.), под ред. В. В. Новицкого, Н.В. Рязанцевой. − Томск: Сибирский государственный медицинский университет, 2012. − 335 с. 

Скачать сборник (MS Word, 1 мб)

Скачать программу конференции  

Актуальность. Несмотря на значительные успехи в области изучения туберкулеза (ТБ), это заболевание среди других инфекций по-прежнему остается важнейшей медико-социальной проблемой. Исследования семейных случаев развития ТБ представили убедительные доказательства влияния наследственности и сделали это заболевание интересной моделью для изучения роли генетических факторов в его развитии. В ходе генетических исследований выявлено более 200 генов, ассоциированных с развитием ТБ. Однако до сих пор отсутствует представление целостной картины о роли генетических факторов в реализации ТБ. Для решения этой задачи в настоящее время активно используются различные биоинформационные инструменты, позволяющие теоретически оценить функциональную значимость однонуклеотидных изменений в геноме и целенаправленно подойти к поиску вариантов генов, существенным образом влияющих на развитие болезни.

Цель. Оценка роли полиморфных вариантов генов INFG, INFGR2 и MCP1, имеющих выраженную функциональную значимость в отношении вариабельности экспрессии, с развитием ТБ у русских жителей г. Томска и Томской области.

Материал и методы. Для исследования использовали образцы ДНК здоровых индивидов (n=265; средний возраст 45,0 лет) и больных ТБ (n=311; средний возраст 44,5 лет). Для генотипирования полиморфных вариантов генов INFG (rs2069705), INFGR2 (rs17880053) и MCP1 (rs1024611) использовали ПЦР-ПДРФ анализ. Продукты рестрикции разделяли в 3% агарозном геле с последующим окрашиванием бромистым этидием и визуализацией в проходящем ультрафиолетовом свете. Для оценки соответствия наблюдаемого распределения генотипов ожидаемому при равновесии Харди-Вайнберга и анализа ассоциаций маркеров с заболеванием использовали χ2-тест, различия считали значимыми при уровне р≤0,05.

Результаты. Наблюдаемое распределение генотипов в контрольной группе для всех изученных вариантов генов соответствовало ожидаемому при равновесии Харди - Вайнберга (INFG χ2=1,912, р=0,166; INFGR2 χ2=0,0699, р=0,79; MCP1 χ2=3,77, р=0,052). При сравнение больных и здоровых индивидов выявлена ассоциация полиморфизма гена MCP1 с развитием ТБ (χ2=7,814, р=0,005). Генотип ТТ наиболее распространен как в контрольной группе, так и в группе больных (53,3% и 48,5% соответственно). В тоже время частота альтернативного гомозиготного генотипа СС в группе больных значительно выше по сравнению с контрольной (10,0% и 4,0% соответственно).

Также выявлена ассоциация полиморфного варианта гена INFG с развитием ТБ (χ2=7,46, р=0,006). Генотип СС варианта гена INFG (rs2069705) значительно преобладает в контрольной группе по сравнению с больными индивидами (27,9% и 19,2% соответственно). Известно, что выбранные для настоящего исследования полиморфные варианты генов INFG (rs2069705), INFGR2 (rs17880053) и MCP1 (rs1024611) обладают регуляторным потенциалом и способны приводить к изменениям в их экспрессии. Так аллель С для генов MCP1 и IFNG связан с повышенным уровнем экспрессии при стимуляции клеток различными индукторами.

Распределение генотипов в группе больных и здоровых для аллельного варианта rs17880053 гена INFGR2 не отличается, таким образом можно сделать вывод, что изученный полиморфный вариант гена не ассоциирован с развитием ТБ (χ2=0,467, р=0,49).

Выводы. Таким образом, среди изученных генетических маркеров обнаружены ассоциации полиморфных вариантов генов INFG (rs2069705) и MCP1 (rs1024611) с развитием ТБ, свидетельствуя об их важности в выраженности иммунного ответа.